Selain mengasuh pondok pesantren, sang kiai pun aktif dalam dunia organisasi. Jam'iyah Nahdlatul Ulama (NU) menjadi tempatnya berkiprah. NU berdiri sejak 1926 M atas dorongan para ulama tradisionalis Islam, utamanya KH Hasyim Asy'ari. Di sana, Kiai Mandhur sempat mengemban amanah sebagai rais syuriyah NU Cabang Temanggung.
Markasnya saat itu berada di Parakan. KH Mandhur merupakan seorang pengasuh pondok pesantren sekaligus sebagai seorang pendakwah agama Islam. Selain aktif berdakwah lewat pesantren, ia juga aktif berdakwah di tengah-tengah masyarakat Temanggung.
Kiai Mandhur bersama kiai dan ulama di Parakan selalu mengingatkan kepada para pejuang kemerdekaan. Pada masa revolusi, banyak laskar yang digemblengnya sebelum berperang melawan penjajah NICA. Mereka ditekankan agar selalu ingat kepada Allah (zikrullah) serta melakukan seluruh kewajiban sebagai Muslim.
Pada masa perjuangan kemerdekaan, ia ikut dalam penggemblengan para pemuda. Me reka mendapatkan bimbingan rohani sebelum terjun ke medan jihad. Dalam prosestersebut, Kiai Mandhur bersama para ulama se- Parakan memberikan pelbagai doa dan wejangan kepada para pemuda Muslim itu agar selalu kuat, iman maupun fisik.