Ketika hendak menuju Madinah pada saat hijrah, Rasululllah SAW singgah di Quba selama empat hari. Sebagai penanda Islam telah hadir di tempat itu, lalu Rasulullah SAW mendirikan masjid di sana. Sejak itu, tradisi membangun masjid pada wilayah pembebasan diteruskan dari generasi ke generasi. Yang istimewa dari Masjid Quba ini adalah peran langsung Rasulullah dalam membangun masjid ini. Beliau meletakkan batu pertama Masjid Quba. Para sahabat dengan penuh semangat bergotong-royong turut serta dalam pembangunanya.

Keistimewaan lain adalah masjid ini disebut dalam Alquran yakni surah at-Taubah ayat 108.  "Sesungguhnya masjid yang didirikan atas dasar takwa (Masjid Quba), sejak hari pertama adalah lebih patut kamu sholar di dalamnya. Di dalamnya masjid itu ada orang-orang yang ingin membersihkan diri. Dan sesungguhnya Allah menyukai orang-orang yang bersih." Jadi, Masjid Quba inilah masjid pertama yang dibangun atas dasar takwa.

Masjid ini pula yang pertama kali dibangun di Madinah. Rasulullah bersabda, "Barang siapa yang bersuci dari rumahnya, kemudian datang ke Masjid Quba, lalu shalat dua rakaat, baginya pahala sebagaimana ganjaran umrah.” (HR Tirmidzi). Tak heran jika para jamaah dari berbagai negara singgah di masjid ini dan menunaikan shalat dua rakaat. Jamaah haji dari berbagai negara berlomba-lomba mengunjungi masjid ini.Seusai sholat dua rakaat, mereka memanjatkan doa di bawah kubah masjid yang menawan ini.

Perlu diketahui, meski tampak sederhana, masjid Quba dianggap sebagai yang pertama dalam seni arsitektur Islam.Bentuk pertama dari masjid itu berupa bangunan persegi empat. Hanya sekitar seperlima luas bangunan di bagian pengimaman yang ditutupi dengan atap pelepah kurma. Sisanya, dibiarkan terbuka tanpa atap. Bahkan, berbagai masjid yang dibangun di abad 18-20 sekarang ini, banyak yang meniru model bangunan Masjid Quba.

Pada masa Umar bin Abdul Aziz, Masjid Quba alami perluasan. Bangunan masjid diperkuat dengan batu-batu kapur, membuat kubah-kubah dari batu dan di tengahnya di pasang tiang dari besi dan timah. Pada saat itu pula, dibangun menara masjid yang pertama. Kini, menara tersebut berjumlah empat.

Pada masa pemerintahan Kerajaan Arab Saudi melalui Kementerian Haji dan wakaf melakukan perluasan Masjid Quba sehingga bisa menampung kapasitas 20.000 jamaah. Bentuk bangunan Masjid Quba seperti masjid pada umumnya, hanya saja bagian tengahnya terdapat ruangan lapang yang di atasnya terdapat atap yang bisa dibuka tutup. 

Pada musim haji, masjid ini selalu dipenuhi jamaah dari berbagai negara utamanya pada pagi hari. Masjid ini selalu jadi tujuan pertama para jamaah haji saat menjalani city tour. Pun di jadwal city tour jamaah haji Indonesia juga menempatkan Masjid Quba sebagai tujuan pertama. Bagaimama pandangan pertama jamaah di Masjid ini, jelas yang pertama dilakukan selfie. Selanjutnya jamaah menuju ruang wudhu untuk kemudian naik ke atas ke ruang ibadah melaksanakan sholat yang dianjurkan Rasulullah. Jamaah laki-laki dan perempuan di pisah dengan jalur yang berbeda. Itulah kisah pertama dari Quba.