Pada tahun keempat di universitas atau pada 1955, Najib ditahan atas tuduhan orientasi Ikhwanul Muslimin. Pada masa hukuman inilah, Najib menulis karya pertamanya, yakni Aghany al-Ghoraba.
Najib menghabiskan empat tahun di penjara. Dia dibebaskan dari penjara pada akhir 1958 karena penyakit saraf kaki. Setelah bebas, Najib melanjutkan studinya dan lulus pada 1960.
Presiden Gamal Abdel Nasser memerintahkan menangkap semua anggota Ikhwanul Muslimin. Akibatnya, Najib kembali masuk penjara pada 1967. Setelah dua tahun di penjara, Najib bebas. Setelah dibebaskan dari penjara, Najib berwisata ke Uni Emirat Arab. Ia memutuskan menetap di negara tersebut selama lebih dari 20 tahun.
Najib akrab dengan banyak ulama, seperti Sayyid Quthub, Mustafa Sadiq Rafeay, Manfalouty, Taha Hussein, dan Tawfiq Hakim. Najib begitu gemar membaca, terutama jurnal sastra yang diterbitkan selama periode itu, seperti al-Resaleh, al-Theqafeh, al-Helal, dan al-Moqtatif. Di mata sejumlah sahabat atau mereka yang pernah berhadapan dengannya, Najib adalah figur yang menyenangkan. Murah senyum.
Senyum tersebut, menurut Abdul Quddus Abu Shalih, pemimpin redaksi majalah al-Adab al-Islami (yang terbit pada masa itu), membuat setiap orang yang bertemu dengan Najib akan merasa akrab, hingga merasa telah mengenal Najib sejak lama. Pada 6 Maret 1995, setelah sempat dirawat di RS King Faishal Riyadh, Najib mengembuskan napas terakhir dan dimakamkan di Mesir.