Salah satu arsip koleksi yang ditelitinya menunjukkan konsep perjanjian antara Sultan Haji dan pihak kompeni. Dokumen itu ditulis dengan bahasa dan aksara Jawa pada naskah kertas Eropa.
Isinya menyebutkan, Sultan Haji meminta bantuan senjata dan tenaga kepada Belanda demi memerangi ayahnya sendiri kira-kira pada 1682.
Syekh Yusuf tentu berpihak pada Sultan Ageng Tirtayasa. Bahkan, ulama ini tampil berani di tengah medan pertempuran. Sayangnya, pada 14 Desember 1683 kubu Sultan Ageng terdesak.
Syekh Yusuf yang kala itu berusia 57 tahun ditangkap pasukan Belanda. Satu tahun lamanya dia disekap di penjara Batavia. Pada September 1684, dia bersama dengan kedua istrinya, beberapa anak, dan belasan muridnya diasingkan ke Sri Lanka.
Pengasingan di sana tak bisa lama-lama. Ceylon alias Sri Lanka sering disinggahi calon jamaah haji asal nusantara sebelum sampai ke Arab. Saat bermukim di pulau tersebut, Syekh Yusuf sering mengadakan kontak dengan mereka yang hendak menunaikan haji atau dalam perjalanan pulang dari Tanah Suci. Belanda kemudian menyadari persinggahan jamaah haji berbahaya.
