IHRAM.CO.ID, Usai merintis pesantren, KH Abdul Manaf berupaya membangun lagi madrasah yang sebelumnya vakum selama tiga tahun. Masyarakat setempat pun bergotong royong membantunya.
Hasilnya, madrasah yang ada tidak hanya berdiri kembali, tetapi juga lebih luas dari bentuk awalnya. Lokasinya tetap di Kebon Kelapa, Palmerah. Pada 1960, lahan madrasah itu termasuk dalam lokasi proyek Asian Games IV sehingga pihaknya menjual tanah tersebut kepada pemerintah.
Menukil dari laman resmi Pesantren Darunnajah, ada kisah mengharukan di balik pembelian tanah ini. Sebelumnya, Kiai Abdul Manaf terlebih dahulu meminta izin kepada istrinya, Tsurayya.
Sang istri pun mengizinkan cincin kawinnya untuk dijual sebagai biaya pembelian tanah. Saya ingat sekali, cincin ber liannya saya ambil, saya minta dengan ikhlas. Diserahkan, saya jual, saya beli itu tanah, begitu penuturan sang kiai.
Bersama beberapa pemuka-pemuka masyarakat setempat, Kiai Abdul Manaf membangun madrasah dengan ukuran 11x25 meter persegi. Kondisinya lebih baik daripada madrasah sebelumnya yang dibangun di atas tanah milik orang tua. Madrasah Islamiyah di Petunduhan ini berlantai ubin, menggunakan atap genteng, dan dindingnya tembok.
Untuk mendukung kegiatan belajar-mengajar, ia merekrut guru-guru dari luar Jakarta, seperti Depok, Sumatera Barat, dan lain-lain. Ada juga guru perempuan dan tenaga tata usaha.