Selama tiga tahun di HBS, yaitu dari kelas satu hingga dua, Djuanda pulang pergi ke sekolah dengan menggunakan kereta api. Dia harus berangkat pada waktu subuh dan pulang sesudah ashar.
Pada kelas IV, Juanda mulai tinggal di Bandung, masuk asrama supaya lebih mahir dalam berbahasa Belanda, Inggris, Jerman, dan Perancis. Karena kepandaiannya, Djuanda dapat lulus ujian akhir HBS pada 1929. Nilainya amat bagus.
Dengan nilai sebagus itu Juanda memperoleh beasiswa studi di Technische Hoge School (sekarang ITB), Bandung. Selain membaca, dia menyukai olahraga, terutama berenang dan polo air. Sebagai pencinta alam, dia sering mendaki gunung dengan membawa alat berteknologi canggih.
Djuanda memasuki Fakultas Ilmu Teknologi yang mempelajari tehnik pengairan dan jalan (wegen en waterbouwkunde). Ada 39 mahasiswa di angkatannya, terdiri atas 18 mahasiswa Indonesia, dua keturunan Cina, dan 19 orang Belanda.