Sejak kecil, Abdullah Syathori sudah diarahkan untuk mencintai ilmu-ilmu agama. Keluarganya yang sangat religius mendukung perkembangannya sebagai seorang calon ulama.

Terlebih lagi, anak lelaki ini sudah menunjukkan tanda-tanda kecerdasan. Saat belum mencapai usia akil baligh, dirinya sudah mampu menghafal Juz Amma dengan amat fasih. 

Di samping itu, kemampuannya dalam membaca Alquran juga cukup bagus. Walaupun gemar belajar, Syathori kecil juga dikenal sebagai anak periang dan suka berolahraga, khususnya bermain sepak bola. 

Menginjak usia remaja, Syathori memulai rihlah keilmuannya ke beberapa pesantren.Inilah langkah awalnya untuk lebih memperdalam ilmu-ilmu agama. Menurut berbagai sumber, ia pertama-tama melangkahkan kakinya ke Pesantren Babakan Ciwaringin Cirebon.

Usai tuntas belajar di Babakan, ia kemudian nyantri di Pesantren Ciwedus, Cilimus Kuningan. Saat itu, lembaga tersebut diasuh KH Sobari, seorang alim yang sangat dihormati penduduk Cirebon. Syathori muda pun mengagumi pribadi dan keteladanan gurunya itu.