Dilansir situs Persatuan Pelajar dan Mahasiswa Indonesia (PPMI) Pakistan, ketika Raja Aurangzeb wafat, pemberontakan terjadi di berbagai wilayah. Hal itu menyebabkan Kerajaan Mughal terpecah menjadi kerajaan-kerajaan kecil
Meski begitu, Masjid Badshahi tetap difungsikan seperti sebelumnya. Tetapi, pada Juli 1799, masjid tersebut jatuh ke orang-orang Shikh di bawah kepemimpinan Maha raja Ranjit Sing yang menguasai Lahore.
Makin lama, bangunan masjid tampak tak terurus. Umat Islam pun dilarang beribadah di dalamnya. Kajian keilmuan yang tadinya rutin dilakukan juga tak ada lagi.
Saat Inggris menjajah India, Masjid Badshahi yang saat itu masih masuk wilayah India digunakan untuk keperluan militer penjajah. Hal tersebut tentunya tak dibiarkan begitu saja oleh kaum Muslimin.
Berbagai upaya dilakukan umat Islam agar fungsi masjid kembali seperti semula. Kemudian, sekitar 1939 Masehi, Masjid Badshahi diaktifkan sekaligus diperbaiki kembali. Pada 1960 Masehi, perbaikan selesai menghabiskan anggaran sebesar 5,8 juta rupee.