Setiap selang beberapa waktu, dia menerima surat-surat dari orang tuanya yang antara lain mengabarkan tentang kondisi perjuangan kemerdekaan di Tanah Air.
Selain itu, dia juga turut serta dalam pelbagai organisasi orang-orang Jawi terdidik di Arab, seperti Perhimpunan Pelajar-pelajar Indonesia (PPPI), Persatuan Talabah Indonesia, Perhimpunan Pelajar Indonesia-Malaya, serta Persatuan Pelajar Betawi.
Kerinduan pada Indonesia pada akhirnya memanggilnya pulang. Sebelum memuluskan niatnya itu, KH Noer Alie bersurat kepada gurunya, Syekh Ali al-Maliki.
Jawaban dari sang guru meneguhkan semangat antikolonialisme, "Kalau kamu ingin pulang, silakan pulang. Tetapi ingat, jika bekerja, jangan menjadi seorang penghulu (pegawai pemerintah). Kalau kamu mau mengajar, saya akan ridha dunia akhirat." Demikian seperti dikutip dari Genealogi Intelektual Ulama Betawi (2011: 95-96).