Tragisnya, raja Bizantium ini justru menghadapi persoalan yang pelik begitu tiba di istana. Rival politiknya, John Doucas, melancarkan kudeta.Istrinya dipaksa masuk biara, sementara Romanus ditahan di penjara Sisilia. Pada 1 Oktober 1071, ia terpaksa turun takhta dan menyingkir ke biara.
Namun, Doucas tetap menaruh curiga padanya.Paman dari kaisar baru, Michael VII Doukas, itu lantas menyuruh beberapa orang untuk menyusup ke dalam biara dan menangkap Romanus. Bekas raja Bizantium itu disiksa hingga buta kedua matanya pada Juni 1072. Tak lama sesudahnya, ia meninggal.
Menurut Dr Ali Muhammad ash-Shalabi dalam Ad-Daulah al Utsmaniyyah(2003), kemenangan Alp Arslan dalam Perang Manzikert adalah peristiwa yang luar biasa. Hal itu tidak hanya disebabkan fakta bahwa sekitar 20 ribu prajurit berbalik unggul melawan 200 ribu pasukan Romawi.
Sejak saat itu, pengaruh Bizantium di Asia Kecil atau Anatolia menyusut drastis. Kalangan sejarawan menyebut Pertempuran Manzikert sebagai awal dari Turkifikasi (Turkification) Anatolia. Puncaknya, Konstantinopel jatuh ke tangan daulah Turki Utsmaniyah pada 1453 M.