Tak heran jika dalam usia muda Baabullah sudah menduduki beberapa posisi strategis. Salah satunya adalah jabatan kapita samudera, yakni pangkat tertinggi dari bidang kemiliteran di Kesultanan Ternate.
Ia memimpin pasukan dalam menaklukkan berbagai daerah, terutama sekitaran Maluku, Sulawesi Utara, dan Sulawesi Tengah. Raja-raja di kawasan luas itu diarahkan agar mengakui Kesultanan Ternate sebagai pusat.
Sultan Baabullah menikah sebanyak dua kali. Pertama, pernikahannya dengan Bega yang merupakan putri seorang bangsawan dari Sulawesi Selatan. Kemudian, pada 1571 ia menikah dengan adik Sultan Iskandar Sani dari Tidore.
Sultan Baabullah dikaruniai lima orang anak yang terdiri atas dua putra dan tiga putri. Putra sulungnya bernama Mandarsyah. Sementara, yang lebih muda adalah Saidi kelak menjadi penerus takhta. Ketiga putrinya adalah Ainal Jarin (menikah dengan Sultan Kodrati dari Jailolo), Boki Ramdan Gagalo (kelak diperistri Sultan Tidore), dan si bungsu yang nantinya dipinang Sangaji Moti.