Baabullah memberikan beberapa opsi. Pertama, Portugis harus menyerah dalam waktu satu hari dengan membawa harta benda mereka. Jika itu yang dipilih, mereka akan diperlakukan secara adil. Lelaki Portugis yang telah beristrikan pribumi Ternate diperbolehkan tetap tinggal. Syaratnya, mereka mau dijadikan sebagai kawula kesultanan. Kedua, Portugis menyerahkan sosok pembunuh Sultan Khairun kepadanya.
Pada 31 Desember 1575 Sultan Baabullah berhasil mengusir Portugis sepenuhnya dari Maluku. Sejarawan Bondan Kanumoyoso mengatakan, upaya sang sultan dilakukan dengan menjunjung prinsip-prinsip toleransi dan hak asasi manusia.
Sebab, pemimpin Ternate itu tidak menghabisi seluruh orang yang berbeda agama. Bahkan, para pria Portugis yang sudah berkeluarga dengan penduduk lokal diboleh kan tetap tinggal di wilayah kesultanan.
Tahun berikutnya, Sultan Baabullah menyambut kapal Portugis di Pelabuhan Talangame, yang datang membawa bahan-bahan makanan. Kapal tersebut diizinkan untuk bersandar. Hal ini menandakan bahwa sudah tidak ada permusuhan dengan Portugis. Tentunya, keharmonisan terjadi selama bangsa Eropa itu mengakui kedaulatan Ternate dan negeri-negeri bawahannya.