Dilansir dari Buku Masjid-Masjid Bersejarah di Indonesia, tujuan dibangunnya masjid ini adalah menyebarkan dakwah Islam sekaligus menggalang kekuatan guna menghadapi penjajah di Sunda Kelapa.
Di masjid ini pula, Pangeran Jayakarta dan keluarganya di makamkan. Lokasi makam persis di samping masjid. Sementara pada bagian belakang, terdapat makam keturunan Pangeran Jayakarta. Hingga saat ini, kompleks makam tersebut diperuntukan untuk keturunan Pangeran Jayakarta.
Selain makam, masjid ini diceritakan terdapat benda pusaka di antaranya sebuah tasbih dan gobang. Menurut cerita, tasbih itu dibuat dari mata uang VOC yang dilubangi pada bagian tengahnya. Namun, kedua benda tersebut menurut riwayat hilang.
Yang menjadi ciri khas bangunan masjid ini adalah empat pilar masjid yang dibuat dari kayu jati asli. Empat pilar ini menyangga menara atas dengan bagian utama masjid. Selain itu, pada menara juga terdapat keunikan berupa ukiran huruf arab yang berbentuk sarang tawon.