Sultan Baabullah lahir pada 10 Februari 1528. Anak tertua dari sembilan bersaudara ini merupakan hasil pernikahan Sultan Khairun Jamilu dengan Permaisuri Boki Tanjung. Ayahnya adalah penguasa Ternate antara 1535 dan 1570. Adapun ibunya, merupakan putri tertua Sultan Alauddin I dari Bacan.
Saat masih kecil, Baabullah kerap dipanggil Kaicil Baru. Pada awalnya sang ayah berniat untuk mengirimkannya ke Kolese Sao Paulo di Goa, India. Namun, niat itu urung dilakukan. Baabullah kecil pun mendapatkan pendidikan secara privat di istana Kesultanan Ternate.
Setelah dididik secara khusus, Baabullah pun tumbuh menjadi remaja yang berilmu. Tidak hanya itu, sifat religiusnya pun makin tebal. Ayahnya berharap, ia menjadi sosok pemimpin yang mengerti agama di masa depan. Dengan begitu, kepemimpinannya akan selalu sejalan dengan ajaran Islam.
Sultan Khairun memang sangat memperhatikan pendidikan calon penggantinya itu. Sejak kecil, Pangeran Baabullah bersama saudara-saudaranya telah digembleng oleh para mubaligh dan panglima. Saat berusia remaja, Baabullah bahkan telah ikut mendampingi ayahnya dalam menjalankan beberapa urusan pemerintahan dan kesultanan.