Sultan Baabullah segera merancang strategi tempur. Tak cuma berniat menghancurkan lawan di area sekitar Ternate, ia pun bertekad mengusir Portugis dari seluruh Kepulauan Maluku. Selama berjuang, Baabullah sangat berhati-hati.
Dia tak langsung menyerbu Benteng Gamlamo yang menjadi basis Portugis di Maluku. Sebab, menurut informannya, di sana masih terdapat anak-anak, kaum perempuan, dan penduduk sipil. Tambahan pula, sebagian warga lokal telah menikah dengan orang-orang Portugis.
Karena mempertimbangkan keselamatan mereka, sang sultan pun urung memulai penyerangan. Ia memilih menunggu di luar sembari menutup semua akses, baik jalan maupun distribusi bahan makanan. Sampai pada batas tertentu, blokade ini akan merontokkan moral dan fisik pemimpin Portugis yang mempertahankan Benteng Gamlamo.
Sultan Baabullah mengatur strategi dalam pengepungan Benteng Gamlamo di Desa Kastela, Ternate. Menurut kalangan sejarawan, taktik yang diterapkan raja Muslim tersebut disebut sebagai strategi Perang Soya-Soya.
Artinya, pembebasan negeri. Untuk keperluan itu, ia juga menyiap kan 2.000 armada kapal korakora yang mengangkut total 120 ribu prajurit. Strategi ini diterapkan untuk mendesak orang-orang Portugis yang masih bertahan dalam Benteng Gamlamo. Dan, di sana pun terdapat sosok pembunuh Sultan Khairun.