Ibn al-Atheer menyebutkan, Sultan Alp Arslan menegur kaisar karena menolak gencatan senjata dan lebih memilih untuk memerangi Muslim. Namun, dia memaafkannya dengan imbalan kaisar untuk menebus dirinya sendiri dengan seribu dinar dan 500 ribu dinar.
Lalu mengirim tentara Romawi ke sultan kapan saja dia meminta dan membebaskan setiap tawanan Romawi. Setelah itu, sultan menjamu kaisar di sebuah tenda dan mengiriminya 10 ribu dinar untuk melengkapinya. Namun, keluarga Duka di Konstantinopel berbalik melawan kaisar dan menggulingkannya dari takhta ketika mereka mengetahui berita kekalahan dan penangkapannya.
Berita kemenangan kaum Muslimin di Manzikert menyebar ke seluruh dunia Islam, dan sampai ke Khalifah Abbasiyah di Baghdad. Menurut buku "Akhbar Negara Seljuk" oleh Sadr al-Din Abu al-Hasan Ali, Khalifah mengucapkan selamat kepada Sultan Alp Arslan dan menamakannya sebagai "Sultan Terbesar, Raja Arab dan Non-Arab, dan Sultan Rumah Muslim".
Meskipun pertempuran Manzikert bukanlah penaklukan Islam dalam arti terkenal melainkan perang pertahanan diri, tapi itu memiliki dampak besar di wilayah tersebut dari sudut pandang demografis. Maka dimulailah periode emirat Turki pertama di Anatolia, dan Anatolia menjadi wilayah dengan mayoritas Muslim Turki, yang sebelumnya merupakan rumah bagi mayoritas Ortodoks Yunani.
Penipisan sebagian besar perbendaharaan kekaisaran oleh kaisar untuk melengkapi pasukan besar juga melemahkan kekuatan ekonominya, di samping migrasi banyak penduduk Romawi, yang bekerja di bidang pertanian di wilayah Anatolia timur dan tengah yang dihuni oleh orang Turki, ke wilayah Anatolia barat. Dengan demikian Kekaisaran Roma Timur kehilangan sumber daya pertanian penting yang menjadi sandarannya.