Bila melihat keseluruhan masjid ini, perhatian utama akan tertuju pada menara spiral raksasa yang terdapat di tengah-tengahnya. Dengan adanya menara itu, Masjid Fanar didaulat sebagai masjid tertinggi di seluruh Qatar. Di samping keunggulan dari segi fisik, pelbagai aktivitas yang dise leng garakan pihak pengelola masjid untuk publik, baik Muslim maupun non-Muslim, juga menarik untuk dikunjungi.
Apalagi, masjid ini di lengkapi dengan museum, perpustakaan, dan lain sebagainya. Masjid ini juga terbuka bagi siapapun, asalkan berbusana menutup aurat dan mematuhi tata krama yang berlaku. Dikutip dari buku Demystifying Doha: On Architecture and Urbanism in an Emer ging City (2013), tinggi menara Masjid Fanar mencapai 80 meter.
Bentuknya menyerupai desain Masjid Agung Samarra di Irak. Seperti halnya masjid kuno dari abad ke sembilan itu, menara Masjid Fanar juga dapat dinaiki dengan menyusuri anak tangga yang searah spiral hingga ke puncaknya
Namun, menara Samarra yang memiliki ketinggian 52 meter dan lebar 33 meter itu kalah besar dibandingkan menara di jantung ibu kota Qatar ini. Corak arsitektur Masjid Fanar juga diketahui menyerupai rancangan ziggurat yang berbentuk piramida.