Mengajar Santri Hingga Wafat
Pada 1950-an, ketika Mbah Manab menunaikan ibadah haji, kondisi kesehatan beliau sudah tidak memungkinkan. Tapi, karena keteguhan hati akhirnya keluarga meng ikhlaskan kepergiannya untuk menunaikan ibadah haji dengan ditemani sahabat akrabnya KH Hasyim Asy'ari dan seorang dermawan asal Madiun, H Khozin.
Mbah Manab adalah sosok yang sangat istiqamah dan berdisiplin dalam beribadah, bahkan dalam kondisi apa pun dan keadaan bagaimanapun. Hal ini terbukti saat menderita sakit, dia masih saja istiqamah mengajar memberikan pengajian dan memimpin shalat berjamaah, meski harus dipapah oleh para santri.
Pada 1954 Mbah Manab berpulang ke Rahmatullah pada Ramadhan. Tepatnya, pada Senin, 21 Ramadhan 1374 Hijriyah. Mbah Manab dimakamkan di belakang masjid Lirboyo. Sepeninggal Kiai Karim, Ponpes Lirboyo dilanjutkan para menantunya, seperti KH Marzuqi Dahlan, KH Mahrus Ali, dan KH Jauhari.
Sekarang, pesantren yang menapaki usia seabad ini dihuni sekitar 10 ribu santri. Diasuh secara kolektif oleh para cucu Mbah Manab, seperti KH Idris Marzuqi, KH Anwar Manshur, KH Imam Yahya Mahrus, KH Habibullah Zaini, dan lain-lain.