Jamaah Muslim sering kali dicegah memasuki kompleks. Pejabat keamanan Israel sering terlihat melindungi pemukim Yahudi yang sedang berdoa dan menghalangi petugas Muslim yang ingin merintangi masuknya pengunjung Israel.
Selama hari raya Paskah Yahudi tahun ini, kompleks Masjid al-Aqsa menyaksikan sejumlah insiden yang dipandang sebagai upaya melanggar status quo di situs tersebut. Termasuk di dalamnya, jamaah Yahudi berdoa dan membaca Taurat dengan keras di situs tersebut.
Kompleks Masjid Al-Aqsa telah menjadi tempat meningkatnya ketegangan antara Palestina dan aktivis Israel tahun ini. Sebuah serangan oleh polisi Israel di masjid dan menyebabkan ratusan warga Palestina terluka, mendorong perang 11 hari pada Mei lalu antara Israel dan Hamas di Gaza.
Bulan lalu, ribuan orang Israel masuk ke kompleks itu setelah berakhirnya hari raya Yahudi Sukkot selama tujuh hari.