Dia mengakui, pesantren saat ini masih lemah dalam pembelajaran sains sehingga harus mengalami perubahan agar pesantren menjadi pusat pembelajaran unggul. Namun, meski pengetahuan modern diajarkan di pesantren, budaya pesantren tentu jangan sampai hilang. Misalnya sederhana, penuh persaudaraan, ikhlas, dan berbudipekerti luhur.
Dalam kesempatan itu dia menyampaikan harapannya agar ada santri yang menjadi saintis. "Saya berharap dari pesantren muncul saintis yang akhlaknya mulia dan menguasai ilmu keagamaan," ujar Komaruddin, yang menyelesaikan pendidikan master dan doktornya di bidang Filsafat pada Middle East Technical University, Ankara, Turki.