IHRAM.CO.ID, Universitas Sankore tak memiliki pusat administrasi. Namun, terdiri atas beberapa lembaga independen, masing-masing diajar oleh seorang cendekiawan atau profesor. Proses belajar mengajar berlangsung secara terbuka di pelataran masjid.
Belajar juga dilakukan di beberapa rumah pribadi. Mata kuliah utama yang diajarkan adalah studi Alquran, Islam, hukum, sastra, obat-obatan, pembedahan dan operasi, astronomi, matematika, geometri, fisika, kimia, filsafat, bahasa, geografi, sejarah, dan seni.
Para mahasiswa mempelajari pula etika bisnis dan perdagangan. Di sisi lain, universitas membuka kelas pertukangan, pertanian, perikanan, konstruksi, pembuatan sepatu, menjahit, dan navigasi. Semua mahasiswa bebas memilih kelas yang mereka minati.
Mengutip laman Muslimheritage, kebebasan intelektual yang muncul di universitas-universitas di Barat terinsipirasi dari kebebasan yang diberikan di universitas, seperti di Sankore ataupun Qurtuba, Spanyol Muslim.
Terlepas dari mata kuliah yang diambil para mahasiswa, setiap mahasiswa di Universitas Sankore wajib menghafal Alquran dan menguasai bahasa Arab. Selain itu, bahasa Arab juga digunakan di Timbuktu sebagai bahasa komunikasi dalam perdagangan.
Pencapaian gelar tertinggi setingkat PhD, ditempuh para mahasiswa dalam kurun waktu 10 tahun. Saat upacara kelulusan atau wisuda, para sarjana harus mengenakan serban yang merepresentasikan nama Allah dan melambangkan cahaya Ilahi, kebijaksanaan, pengetahuan, dan moral baik.