Seperti kebanyakan institusi di Afghanistan, madrasah telah berjuang menghadapi krisis. Kondisi kian sulit karena perekonomian Afghanistan pun tengah dilanda gejolak. Penurunan kian cepat sejak Taliban mengambil alih kekuasaan atas negara tersebut pada 15 Agustus lalu.
Kendati kondisinya sulit, Mudaqiq tetap pada pendiriannya, yakni bahwa keberadaan madrasah harus dipertahankan. "Madrasah harus selalu ada, tidak peduli apakah pemerintah hadir. Tidak masalah biayanya, madrasah harus tetap hidup," ucapnya.
Secara historis, pemerintah Afghanistan kekurangan sumber daya untuk menyediakan pendidikan di daerah pedesaan. Hal itu memungkinkan madrasah hidup dalam pengaruh. Selama ini sistem madrasah tetap dapat hidup dan bertahan berkat sokongan masyarakat. Sebagian besar pendanaanya berasal dari swasta.
Namun karena saat ini Afghanistan sedang disanksi Amerika Serikat (AS) dan asetnya dibekukan lembaga moneter internasional, gaji publik belum dibayarkan. Madrasah tak melihat pendanaan yang sama seperti dulu.